Im Alter von fünf Jahren begann Niels Pfeffer mit dem Gitarrenspiel. Schon früh Unterricht bei Prof. Johannes Monno, dessen feines und durchdachtes Spiel ihn wesentlich beeinflusste. 2017 schloß er sein Bachelorstudium in Cembalo bei Prof. Jörg Halubek und klassischer Gitarre bei Prof. Johannes Monno an der Musikhochschule Stuttgart ab. Anschließend studierte er im Master bei Prof. Robert Hill in Freiburg (Cembalo) und Prof. Zoran Dukić in Den Haag (Gitarre), wo er auch auf der Theorbe Unterricht von Prof. Mike Fentross und Prof. Joachim Held erhielt. Beide Studien schloß er mit Auszeichnung ab. Seit Herbstsemester 2019 studiert er einen spezialisierten Master Generalbass an der Schola Cantorum Basiliensis bei Prof. Jörg-Andreas Bötticher.


Niels Pfeffer gewann zahlreiche Preise bei renommierten internationalen Wettbewerben (erster Preis Anna-Amalia-Wettbewerb in Weimar 2013, zweiter Preis Gitarrenwettbewerb Nürtingen 2014, fünf Preise beim Andres-Segovia-Wettbewerb in Velbert 2007, 2009, 2011, 2013 und 2015, erster Preis Gorizia 2011, dritter Preis in Kutná Hora 2015, vierter Preis in Bratislava 2016, Finalist und Sonderpreis Forum Gitarre Wien 2016).

Neben der Gitarre widmet Niels Pfeffer die meiste Zeit dem Continuospiel auf Cembalo und Theorbe. Im Wintersemester 2017/18 war er als Lehrbeauftragter für Cembalo-Korrepetition an der Musikhochschule Stuttgart tätig, ab Sommersemester 2018 unterrichtet er dort Theorbe und Continuo. Mit beiden Instrumenten hat er bei zahlreichen Opernaufführungen gespielt, darunter Händels Rodrigo (Stuttgart) und Reinhard Keisers Octavia (Innsbruck). Antonio de Literes Oper Los Elementos führte ihn an das Staatstheater Kassel, wo er als musikalischer Assistent für die szenischen Proben zuständig war. 2018 spielte er bei der operá-ballet-Produktion Solen och Nordstjärnen in Vadstena (Schweden). Im Januar 2019 spielte er beim Nordic Baroque Orchestra in Trondheim (Norwegen). Regelmäßig spielt er zudem als Theorbist beim Rotterdam Philharmonic Orchestra. Auch als Continuospieler der Ensembles La Serenité, Le Tic-Toc-Choc und Bryggan war er regelmäßig bei Wettbewerben erfolgreich: Händel-Wettbewerb Karlsruhe 2015 und 2016, Wettbewerb für Alte Musik des Saarländischen Rundfunks 2017 und der Premio Selifa in San Ginesio 2018. Meisterkurse erhielt er unter anderem von Konrad Junghänel, Christophe Rousset, Skip Sempé, Frederic Haas und Beatrice Martin. Im Januar 2019 gewann er beim ersten internationalen Wettbewerb für Continuo und Partimento in Kattowitz den 3. Preis.

Fernseh- und Rundfunkaufnahmen, Konzerte und Meisterkurse gab Niels Pfeffer in den letzten Jahren mehrfach nach Estland, den Libanon, Armenien und Mexiko. Während seines Studiums in Stuttgart war er Stipendiat der Stiftung Live Music Now. 2014 erhielt er ein Deutschlandstipendium sowie 2017 und erneut 2018 ein Excellence Scholarship des Königlichen Konservatoriums Den Haag.