Niels Pfeffer studierte Generalbass, Cembalo, Gitarre und Laute in Stuttgart, Freiburg, Den Haag und Basel. Er fühlt sich auf (fast) allem, was gezupft wird oder Tasten hat, zu Hause. Prägende Lehrer waren für ihn Johannes Monno, Jörg Halubek, Robert Hill, Zoran Dukic, Jörg-Andreas Bötticher und Julian Behr.

An der Musikhochschule Stuttgart unterrichtet er im Rahmen eines Lehrauftrags Theorbe und korrepetiert an Cembalo und Laute. Auch an der Schola Cantorum Basiliensis hat er einen Lehrauftrag für Korrepetition auf diesen Instrumenten inne. Außerdem ist er als akademischer Mitarbeiter am Musikwissenschaftlichen Institut der Universität Tübingen tätig – dort lehrt er u. a. zu Themen der historischen Aufführungspraxis und verfolgt ein eigenes Dissertationsprojekt zu Klavierrollenaufnahmen des frühen 20. Jahrhunderts.

Mit seinen Instrumenten hat er bei zahlreichen Orchestern und Festivals gespielt, u. a. mit dem Nordic Baroque Orchestra, Rotterdam Philharmonic Orchestra, Capricornus Consort Basel, La Cetra und der Bachstiftung St. Gallen. Mit dem Ensemble "La Visione" nahm er auf 4 CDs die gesamten "Essercizii Musici" Georg Philipp Telemanns auf. 2019 gewann er beim ersten internationalen Wettbewerb für Continuo und Partimento in Kattowitz den dritten Preis.

Fernseh- und Rundfunkaufnahmen, Konzerte und Meisterkurse gab Niels Pfeffer u. a. in Estland, dem Libanon, Armenien und Mexiko. Während seines Studiums wurde er gefördert durch ein Deutschlandstipendium sowie durch ein Excellence Scholarship des Royal Conservatory Den Haag.