A l'âge de cinq ans, Niels Pfeffer a commencé à jouer de la guitare et a reçu assez tôt un enseignement par le professeur Johannes Monno, dont le jeu fin et bien réfléchi l'a considérablement influencé. Carsten Lorenz, chez qui il a suivi des cours de clavecin, l'a initié à la pratique du continuo et de l'interprétation historique. En 2017, il a terminé ses études de clavecin avec le professeur Jörg Halubek et de guitare classique avec le professeur Johannes Monno à la Musikhochschule Stuttgart (Haute École de Musique de Stuttgart). Depuis lors, il a poursuivi ses études avec le professeur Robert Hill à Fribourg-en-Brisgau (clavecin) et avec le professeur Zoran Dukić à La Haye (guitare), où il étudie également le théorbe avec les professeurs Mike Fentross et Joachim Held.

Niels Pfeffer a remporté de nombreux prix lors de concours internationaux renommés (premier prix au Concours Anna Amalia à Weimar 2013, deuxième prix au Concours de Guitare de Nürtingen 2014, cinq prix au Concours Andres Segovia à Velbert 2007, 2009, 2011, 2013 et 2015, premier prix au concours Enrico Mercatali à Gorizia 2011, troisième prix à Kutná Hora 2015, quatrième prix à Bratislava 2016, finaliste et prix spécial Forum Guitar Vienna 2016).

En plus de la guitare, Niels Pfeffer consacre l'essentiel de son temps à la basse continue au clavecin et au théorbe. Pendant le semestre d'hiver 2017/18, il a enseigné l'accompagnement au clavecin à la Musikhochschule Stuttgart (Haute École de Musique de Stuttgart), où il enseigne le théorbe et le continuo depuis le semestre d'été 2018. Avec les deux instruments, il a participé à de nombreuses représentations d'opéra, dont Rodrigo de Handel (Stuttgart) et Octavia de Reinhard Keiser (Innsbruck). L'opéra Los Elementos d'Antonio de Lite l'emmène au Staatstheater Kassel, où il est assistant musical pour les répétitions scéniques. En 2018, il a joué dans la production de ballet d'opéra Solen och Nordstjärnen à Vadstena (Suède). En janvier 2019, il joue avec le Nordic Baroque Orchestra à Trondheim (Norvège). Il joue également régulièrement du clavecin avec le Südwestdeutsche Kammerorchester Pforzheim. Il a également joué avec succès en tant que continuo avec les ensembles La Serenité, Le Tic-Toc-Choc et Bryggan dans de nombreux concours : Competition Händel Karlsruhe 2015 et 2016, Early Music Competition Saarländischer Rundfunk 2017 et Premio Selifa in San Ginesio 2018, et a suivi des classes master avec Konrad Junghänel, Daniele Caminiti, Skip Sempé, Frederic Haas et Beatrice Martin, entre autre.

Au cours des dernières années, Niels Pfeffer s'est rendu à plusieurs reprises en Estonie, au Liban et en Arménie pour des enregistrements télévisés et radiophoniques, des concerts et des classes master. Pendant ses études à Stuttgart, il a été boursier de la Live Music Now Foundation. En 2014, il a reçu une bourse allemande et en 2017, puis en 2018 une bourse d'excellence du Conservatoire royal de La Haye.